据说，位于中央大厅北部的主庭院的设置是最让贝聿铭煞费苦心的。主庭院东、南、西三面由新馆建筑相围，北面与拙政园相邻，大约占新馆面积的1/5空间。这是一座在古典园林元素基础上精心打造出的创意山水园，由铺满鹅卵石的池塘、片石假山、直曲小桥、八角凉亭、竹林等组成，既不同于苏州传统园林，又不脱离中国人文气息和神韵。山水园隔北墙直接衔接拙政园之补园，水景始于北墙西北角，仿佛由拙政园西引水而出；北墙之下为独创的片石假山。当问及为何不采用传统的太湖石时，贝聿铭曾说过，传统假山艺术已无法超过。一辈子创新的大师，不愿步前人的后尘。这种“以壁为纸，以石为绘” ，别具一格的山水景观，呈现出清晰的轮廓和剪影效果。使人看起来仿佛与旁边的拙政园相连，新旧园景笔断意连，巧妙地融为了一体。

　　这种在城市机理上的嵌合，还表现在东北街河北侧1～2层商业建筑的设计，新馆入口广场和东北街河的贯通；亲仁堂和张氏义庄整体移建后作为吴门画派博物馆与民族博物馆区相融合，保留忠王府西侧原张宅“小姐楼”(位于补园南、行政办公区北端)作为饭店和茶楼用等；新址内惟一值得保留的挺拔玉兰树也经贝先生设计，恰到好处地置于前院东南角。

　　贝聿铭与苏州博物馆

　　上世纪70年代，随着改革开放新时期的到来，在建筑界，一度被隔绝的西方建筑文化再次被纳入了国人的视野。1979年，香山饭店就是在这样的背景下出现的第一座由境外设计师设计的建筑，设计者就是世界著名建筑师、美籍华人贝聿铭。

　　85岁的贝老，祖籍正是苏州，狮子林，原本就是他家的园林。他了解苏州的历史文化内涵，对故乡也有一份难以割舍的亲情。同时，几十年来，贝老在世界各地也设计过诸多风貌各异的博物馆建筑。对这一类的公共建筑，可谓得心应手。因此，请贝老来为苏州博物馆做设计，可谓是最好的选择。

　　但是，在如此微妙的地点建一座现代化的博物馆，对于任何一个设计师，都将是一次严峻的考验，稍有不慎，就会成为千夫所指。但对85岁高龄的贝聿铭来说，这不仅是一次巨大的挑战，同时也是他早在孩童时代就已种下的梦想。

　　一直以来，贝聿铭始终在探索，如何能够使中国的传统建筑与现代建筑对接，走一条既融合了传统文化，又具有现代特征，不是简单的仿古复古的新的路线。

　　考虑到苏州作为一个文化古城，博物馆不能够太过沉重，不要粗重高大，而是要轻巧，灵便，精致，这样才会和苏州整体的风貌比较同意，但是又不能完全相像。

　　为此，贝聿铭为新馆确定了一个叫做“中而新，苏而新”的设计理念。以及被称为“不高不大不突出”的设计原则。形态上，色彩的把握，和周围建筑保持一致。在庭院的处理上，保留了很多和苏州过去的园林相似的地方。但在反映园林文化的同时，但又并不是照搬过去的形式，而是将许多苏州传统的东西，通过一种新的方式来表达出来。

　　尽管从外观上来看，园林式的苏州博物馆融合了苏州园林和文化的神韵，但这并不意味着，在技术手段上，同样延续苏州的古老传统。对于贝老而言，他的设计始终是以不断创新而创造了世界建筑历史上的一段又一段佳话，对传统的尊重和延续，只是通过他设计的作品内在的特征而表达出来的。

　　在新馆建筑的构造上，大量使用玻璃，和采用开放式钢结构，现代的钢结构替代了苏州传统建筑的木质材料，由几何形态构成的坡顶，既传承了苏州城内古建筑纵横交叉的斜坡屋顶，又突破了中国传统建筑“大屋顶”在采光方面的束缚，充分体现了“让光线来做设计”的理念。

　　此外，中央展厅顶部是以米字形钢结构构成，完全没有任何支撑，然而嵌在结构中的石材，每块重达三四百公斤。这些都完全是通过现代的技术手段来实现的。

　　整个新馆的建筑群在现代几何造型中体现了错落有致的江南特色，深灰色石材的屋面和墙体边饰，和白墙相搭配，清新简洁。

　　面对像拙政园、狮子林这样的苏州园林经典，不仅在建筑上超越是一种挑战，而园艺上更是无法超越。贝聿铭认为，传统园林的假山已经做到了极致，后人是无法超越的，为此，他则选择了另辟蹊径。以和拙政园相邻的一面白墙为背景，在前面以石片作为假山。“以壁为纸，以石为绘”，在朦胧的江南烟雨笼罩中，将其喜爱的米芾山水画加以立体呈现，远远望去就像连绵不绝的山峦将新馆与拙政园相连。

　　如果说，当年香山饭店的建成在中国建筑界引起了巨大的轰动，同时它也为新时期我国建筑和室内设计工作者的创作起到了解放思想、开拓思路的作用。那么，苏州博物馆，则使苏州民居风格和现代建筑和谐对接，融建筑于园林之中，化创新于传统之间，使传统与现实，东方古代文明和西方现代科技相辅相成协调相融。

　　对于贝老本人来说，创立一种属于中国本土的建筑风格，香山饭店是一个开端，苏州博物馆则是一个漂亮的结局，他用自己的努力，实现着一个特殊的理想，为中国创造了一种新的建筑语言。