长城在1987年被列入《世界遗产名录》。当时，包括郑孝燮、罗哲文在内的学者曾提出大运河也应该申遗，但囿于种种原因，运河一直没有申遗。

　　2005年，联合国教科文组织将遗存运河和文化线路列入了新的世界遗产种类。在这样的背景下，有着“运河三老”之称的学者郑孝燮、罗哲文、朱炳仁以《关于加快京杭大运河遗产保护和申遗工作》为题，联名致信18个运河城市的市长，呼吁加快京杭大运河申报世界文化遗产的工作，认为：“站在历史的高度来看，京杭大运河的价值和风貌千万不能在我们这一代人手中断流。”

　　“过去运河申遗一直鼓不起劲来，对于运河究竟该怎么保护，尤其它是个活态的文化遗产，一直争议很多。在运河上做点事情是牵一发而动全身的，究竟谁来掌舵，谁来协调，这是个很大的困难，所以运河申遗一直很缓慢在前行。”朱炳仁这样回忆。

　　由于经济价值的丧失，自觉去保护一条全长1794公里、贯通五大水系的大运河，变得几乎难以实现。从2006年开始，有人提出“重新开凿运河”、“重建漕运总署衙门”，在山东济宁召开的一次运河大会上，有专家呼吁把整个运河重新挖出来；更早的时候，还有人提出要把大运河建成“水上高速”，包括开挖被湮没的古河道、重建分水工程等。

　　2006年3月，58位全国政协委员联名向全国政协提交了《应高度重视京杭大运河的保护和启动申遗工作》的提案，呼吁启动对京杭大运河的抢救性保护工作，并在适当的时候申报世界文化遗产。

　　是年5月，全国政协组织专家考察京杭大运河保护与申遗活动的情况，对运河全线进行调查研究，并通过《京杭大运河保护与申遗杭州宣言》。这年12月，国家文物局公布了重设的《中国世界文化遗产预备名单》，将原先榜上无名的京杭大运河列在首位。

　　彼时的一个现实是，在运河沿线的各省市，基本上各自为政，处于散乱状态，使大运河实际上成为各段各地的“小运河”。为此，大运河联合申遗办公室（下称“联合申遗办”）作为大运河保护与申遗城市联盟在2007年6月成立。

　　当时，扬州、济宁、无锡都在争这个牵头城市，另一个运河沿线的重要城市杭州则没有提出申请。彼时的杭州正专注于西湖申遗，“如果杭州在当时提出申请的话，应该会很有竞争性。”杭州市运河综保委副主任高小辉告诉时代周报记者。

　　“扬州、济宁、无锡三个城市各有特点，但扬州的优势更明显，现存的运河河道扬州最多、历史关联度最高。更重要的是，扬州地方政府对运河申遗十分热心。”大运河联合申遗办副主任姜师立告诉时代周报记者。由此，扬州成为了大运河申报世界文化遗产的牵头城市。

　　在国家文物局的组织下，2008年3月，大运河保护和申遗第一次工作会议在扬州召开，明确了大运河申遗的工作方案，决定以城市联盟的形式联合申报世界文化遗产。会议还决定将通往河南洛阳的隋唐大运河整合进来，把“京杭大运河申遗”改称为“中国大运河申遗”，涉及城市则扩大到33个。

　　自大运河计划申遗以来，“全线申报”还是“片段申报”，一直是各界广泛探讨和反复争论的问题之一，国外已列入世界遗产名录的运河都是全线或整段申报，它们往往是保存完好的技术范例、风景优美的连续水道。

　　此外，文物界更大的争议来自于：大运河究竟该保护什么？是河床还是沿线城镇？是水工设施还是港口码头？那些已经湮没的地方怎么保护？那些干涸的老河床、排污的臭水沟怎么办？那些已经消失的水渠要不要重建？

　　对于大运河这样庞大的遗产，如何像其他文物古迹一样向人们整体展示，也成为一个难题。

　　“基于中国大运河各段河道特征各异、遗存面貌丰富的构成特点，我们主张选择各河段的代表性段落构成系列遗产进行申报，这是能够满足世界遗产有关真实性和完整性要求的优选申报策略。”中国文化遗产研究院的一位人士如是介绍。

　　在反复讨论中，专家学者们争论焦点最终集中在是否将浙东运河列入申遗范围。有专家表示，运河申遗重点在于人工痕迹，浙东运河作为一条自然河道，人工开凿痕迹显然不多，自然不该列入运河申遗范围。

　　有的专家则认为，浙东运河是目前大运河中自然和人工双系统并存的唯一运河段，应该纳入申遗范围。“南宋时期，它是南宋王朝的生命线，漕米、食盐和其他物品的运输和人员往来等，都有依赖浙东运河。”大运河联合申遗办副主任姜师立告诉时代周报记者。

　　在多轮沟通后，意见逐渐统一。最终，浙东运河也被纳入到了大运河申遗的范围。

　　遴选确定申遗点

　　2009年4月，由国务院总牵头，8个省市和13个部委联合组成大运河保护和申遗省部际会商小组，正式建立省部协商机制。至此，大运河申遗上升为国家的意志和行动。