按照国务院的统一部署，2009年至2014年是大运河保护和申报世界文化遗产工作的关键时期，分为三个阶段。第一阶段是从2009年到2010年的启动阶段，第二阶段是从2011年到2012年的保护、整治阶段，第三阶段是从2013年到2014年的申报阶段。

　　“第一阶段的工作主要包括制订规划、加强协调、遴选预备名单、编制申报文本等。”姜师立介绍。

　　大运河是特殊文化遗产，怎么做规划，国内未有先例。国家文物局前局长单霁翔把大运河需要保护的遗产分了三层：第一层是运河河道及其附属设施；第二层是与大运河相关的遗迹，包括因运河而生的城镇、建筑等；第三层是大运河周边环境景观和非物质文化遗产。

　　区别于一般的文化遗产，大运河的基本功能还在继续发挥作用，单霁翔称之为“活态遗产”。在山东济宁以南，大运河至今仍担负着内陆运输的功能。

　　2011年3月，大运河联合申遗的遗产预备名单公布，96个项目（65处遗产点+31段河道）被列入，79个项目（67处遗产点+12段河道）被后续列入。

　　同年5月，国家文物局下发大运河申遗的倒计时方案，要求沿线城市按时完成规划审批，全面推进遗产点、段的保护整治，完善遗产监测和管理，做好各项基础工作。

　　在此期间，根据有关部委的意见，国家文物局删除了预备名单中原列入的现京杭运河江南运河段主航道、现京杭运河镇江至常州段、现京杭运河常州至无锡段3个河段和后续列入的四十里河、十八里河、废黄河、姚江、老不牢河5个河段，并调整缩小了原頔塘、浙东运河主线、淮河口—洪泽湖段等3个河段的范围。

　　由于多次专家论证一致认为，大运河申遗应当以运河段落为主，结合重要的水利、航运枢纽和相关文化遗产点。遗产点如果不以运河河段为依托，就失去了列入大运河申报项目的基本条件。

　　为此，国家文物局相应删除了上述河段沿线的江苏省的丹阳开泰桥、常州万缘桥、常州万安桥、古清口遗址，浙江省的新市市河与历史街区、三江闸、钱塘江与运河运口水利航运设施群中的三堡船闸，以及姚江水利航运设施及相关遗产群中的姚江大闸、压塞堰共9个遗产点。

　　2013年初，国家文物局正式确定了首批申遗点段，它们分布在8个省市的31个遗产区，涉及27段河道和58处遗址点，河道总长1011公里。

　　扬州的旅游景点个园是大运河申遗点之一，个园管理处主任金川告诉时代周报记者，个园之所以被列入到申报点，是因为盐业与大运河息息相关，“个园虽然只是盐商文化的一个侧面，却见证了扬州盐业从鼎盛到衰败的历史。”

　　2013年6月底，沿线省份完成大运河地方性立法、遗产保护展示和环境整治工程、界桩和保护标志设置、遗产档案和监测系统建设等工作。

　　申遗背后的利益驱动

　　2013年9月，大运河申遗迎来了国际专家的现场考察和评估，为了迎接专家审查，各地政府都十分重视，扬州市甚至专门召开动员会，分解环境整治的各项任务，并由市长签字督察。

　　金川在当时接待了来自联合国的专家。他回忆，“联合国专家详细询问了个园的游客峰值数，并问如果景区人数超量的话，我们会怎么做？我的回答是，个园游客的峰值是2万左右，一旦超过数字，我们有着紧急预案，比如会立刻停止售票。”

　　联合国专家的疑问，恰恰是申遗成功后可能出现的一个场景。世界遗产带来的旅游收益明显，山西平遥古城在1997年申报世遗，之前的1996年，国内游客只有10万人次，门票收入104万元，旅游综合收入1250万元。而在被列入世界文化遗产后的2000年，这几项数字分别猛增为63万人次、780万元和7800万元，是1996年的6.3倍、7.5倍和6.2倍。

　　运河申遗背后，能给地方的旅游产业带来重大影响，从而提升地方的GDP。地方政府的官员也不隐瞒自己借大运河申遗之机发展旅游的意图。早在2006年，济宁市委副书记赵树国就坦言，“运河文化旅游带”已纳入当时的济宁规划建设的重点旅游项目之中。2009年开始，济宁市启动了南阳古镇的保护和维修项目，计划总投资9.5亿元。

　　这是一股以旅游为导向的大运河开发热，几乎所有的运河申遗沿线城市都难掩其冲动。2007年，杭州市余杭区启动以塘栖古镇保护为重点的运河综保工程，整个工程计划投资80亿-100亿元，计划用5-8年，把塘栖打造成申遗样板、运河名镇、国际旅游综合体。

　　2013年10月，无锡市宣布，总投资达100多亿元的京杭大运河无锡段运河古城项目启动，该项目已投入近60亿元修复资金用于清明桥街区，后期由天朗集团接手投入70亿元打造运河古城，欲打造成集文化演艺、酒店集群、艺术品交易平台为一体的文商旅“江南文化集萃地”。

　　山东聊城的七级镇计划在未来三年时间内，投资16亿元打造“运河文化古镇”。徐州借大运河申遗维修保护遗产的机会，其辖内的新沂窑湾古镇保护修缮，已经投入了3.2亿元。

　　镇江市没有出现在本次运河申遗的城市中,但镇江仍然计划投资20亿元，完成古运河平政桥—迎江桥段西侧景观改造，计划建设古运河中段的主题精品酒店。