在改造中，多次发生了对不愿搬迁的居民“强制搬迁”的事件。据《南京日报》报道，门东动迁指挥部负责人称“对规定期限内仍不签订搬迁协议的住户，将加快实施司法强制搬迁”(2012年11月3日)；门西工程建设指挥部负责人称“坚持不搬，指挥部将依法申请司法强制搬迁程序”(2013年1月19日)；南捕厅动迁指挥部负责人称“动迁遭少数居民干扰，将申请执行强制搬迁。”(2013年7月7日)

　　这些地段的开发单位分别是南京城南历史街区保护建设有限公司和南京城建历史文化街区开发有限责任公司。“2013中国·南京科技创业创新与重大项目洽谈会”发布的信息透露：南捕厅地段将以甘熙宅第为核心，建设占地面积12.3万平方米的商业配套，预计总投资50亿元；门西地段将开发特色商业服务区、园林酒店办公区、城市广场商业区、秦淮河商业带等。

　　如果在老城南历史街区都进行这样的“强制搬迁”，南京《名城规划》和《老城南规划》确定的居民自我修缮、自愿疏散的原则将沦为一纸空文，最后的老城将成为没有原住民的“文化空城”。而将历史文化街区、历史风貌区整体出让给企业管理经营，擅自进行各类“征收”、“搬迁”，驱逐街区居民的行为，也与国务院《关于进一步做好旅游等开发建设活动中文物保护工作的意见》禁止把历史文化街区、村镇整体出让给企业管理经营的要求相违。

　　实践证明，以居民为主体，政府主导、专家指导、社会参与，居民按保护规划自我修缮的保护模式，能最大限度地调动各方面的积极性，形成旧城保护与整治的最大合力。面对新形势，南京最后的古城已不能继续走大拆大建、拆真建假、全面外迁居民的老路，而应积极探索保护古城的历史真实性、风貌完整性和生活延续性的新路。