美国国家公园管理局负责管理国家公园自然资源，对自然资源的定义包括传统意义上的自然资源、自然资源的演化过程、生态系统及其价值。

　　美国国家公园管理局根据《管理局有机法》《国家公园综合管理法》《清洁空气法》《清洁水法》《濒危物种法》《国家环境政策法》和《荒野保护法》等法规、行政命令和其他适用法规，对公园自然资源行使管理权。

　　保护公园资源及其价值免受破坏，是管理工作的核心。管理者须以书面形式明确拟议公园内的活动是否会破坏自然资源，并采取措施，确保正在进行的活动不会破坏公园自然资源。如果相关活动对公园自然资源的影响无法确定，则以自然资源保护为主。

　　国家公园管理局对自然资源实行总体全面管理，非常注重维护处于自然演替过程中的公园生态系统内的所有组分和过程，包括这些生态系统中原生动植物物种的天然丰度、多样性、遗传和生态完整性。

　　全面管理需要考虑6个方面的问题：制定自然资源管理规划；保存和公布自然资源信息；开展自然资源影响评估；建立广泛的合作关系；促进自然生态系统恢复；建立自然资源损害赔偿制度。

　　美国国家公园广义的自然资源包括6种：一是物质资源，如：水、空气、土壤、地形特征、地质特征、古生物资源、自然景观和昼夜晴朗的天空；二是天气、侵蚀、洞穴形成和野火等物理过程；三是原生植物、动物和群落等生物资源；四是光合作用、演替和进化等生物过程；五是生态系统；六是风景等高价值资源。

　　上述自然资源中，纳入具体管理范围的主要有以下8类。

　　生物资源管理

　　从公园自然生态系统组成角度，维护公园生态系统内的所有植物和动物的数量，具体包括开花植物、蕨类植物、藓类植物、藻类植物、真菌、细菌、哺乳动物、鸟类、爬行动物、两栖动物、鱼类、昆虫、蠕虫、甲壳动物等。管理始终遵循针对性原则，即对不同类型的生物资源，采用不同的管理办法。

　　对动植物种群，以保护其数量和栖息地为重要目标，防止种群数量大幅波动和周期性消失。对于居于多个栖息地的动物种群，国家公园作为其栖息地之一，公园管理方会主动与其他栖息地管理方合作，强化协同保护。对遗传资源，管理局通过延续自然进化过程和减少人类对进化中的遗传多样性的干扰，努力保护公园内本土动植物种群的全部遗传类型（基因型)。管理局使用来自遗传和生态上尽可能密切相关的种群的有机体（特别是来自邻近或当地的类似生境的有机体），恢复本土植物和动物。为加强本土繁育的种群之间的基因流，恢复物种的遗传多样性，还进行了生物体移植的探索和尝试。当本土植物或动物因某个原因（如：打猎、捕鱼、害虫管理等）被移除时，管理局将会把自然遗传多样性控制在合理水平。

　　本土动植物管理集中在3个方面。一是恢复本土动植物物种；二是管理受威胁或濒危动植物；三是管理自然景观。

　　通常情况下，公众可以在规定的名录内收获一定数量的动植物资源，例如捕鱼等。管理局将在符合联邦和州法规的条件下，恢复和维护动植物种群的生境。在特殊情况下，管理局可储存本土或外来动物物种以供娱乐性狩猎所需，前提是这种储存不会对公园的自然资源或过程造成不可接受的影响。

　　一般情况下，公园不会引入外来物种。只在少数情况下引进或维持外来物种，以满足特定的、已确定的管理需求，同时采取一切措施，最大限度减少外来物种可能带来的风险。若外来物种干扰了自然过程和自然特征的延续，影响本土物种或自然栖息地，或破坏了本土物种的遗传完整性及文化资源、景观，严重妨碍了公园或邻近土地的管理，威胁了公共安全，管理局将会开展移除行动。

　　病虫害防治必须制定综合管理方案（IPM）。对于有争议的问题必须通过既定的规划程序加以解决，并纳入综合管理方案。综合管理方案包括何时实施害虫管理行动以及采取哪种组合策略最为有效。

　　其他纳入病虫害防治的还包括农药、生物控制剂和生物工程产品等。其中，农药使用受到严格控制，使用农药要经过严格审批，每年进行报告。农药只能由经联邦或州认证系统认证或注册的施药者使用或在其监督下使用。

　　水资源管理

　　管理局与公园所在州的水资源管理机构合作，保护公园水资源，并参加水权利益相关方的谈判，寻求冲突解决方案。

　　管理局应确定公园地表水和地下水的水质，以达到《清洁水法》的最高标准，与其他机构或政府签订协议，共同保护并恢复公园水源水质。

　　管理局主导并采取行动防止湿地破坏、丧失和退化；保护并提升湿地的生态功能和价值；避免直接或间接支持湿地内新建工程，除非没有适用的可替代方案或提议行动包含对湿地危害最小化的可行措施。实行“湿地零损失”政策，努力实现长时期全国湿地净增长的长远目标。开展湿地普查，以协助制定湿地资源管理和保护的合理规划。尽可能发挥其教育、娱乐、科研等功能，提高自然湿地的价值。

　　通过恢复以前被破坏或退化的湿地，弥补无法避免的不利影响。对湿地补偿要求是，每破坏或退化1英亩湿地，需恢复至少1英亩湿地。对于管理局提出的可能对湿地产生不利影响的行动，必须进行环境评估或发布环境影响声明。如果首选替代方案也将对湿地产生不利影响，则必须根据局长令，准备调查结果陈述书并申请批准。

　　管理局将流域作为完整的水文系统进行管理，最大限度减少人类活动对水文过程的影响，主要措施是避免影响流域和河岸植被、保持自然河床溪流过程不受干扰。当基础设施与溪流之间的冲突不可避免时，首先考虑移位或重新设计；其次是使用视觉上不明显的技术方案，最大限度保护自然进程。

　　火管理

　　火管理主要分为自然火和人为火管理。自然火及其产生的烟雾是公园中持续存在的自然体系的组成部分，包括可以适应火的植物和动物群落，需要定期火烧以保持生态完整性。当前，国家公园内的自然火发生频率非常低，但当自然野火受到人为干涉时，公园的生态系统可能丧失完整性。

　　拥有植被可燃物的公园应制定火管理计划，配备支持该计划的足够资金和人员。

　　所有的野火都应在公园火管理计划的指导下，采用适当的策略管理方案进行有效管理。方案的选择需综合考虑要保护的资源价值、消防人员和公众安全、成本、消防资源的可用量、天气以及燃料条件等，同时设计监控方案。

　　空气资源管理

　　管理局有责任使公园空气质量保持最佳，维护旅客的出游体验、健康和自然风景，保护公园中对空气质量十分敏感的植被、水质、野生动植物、历史及远古的遗迹等资源。管理者将根据《清洁空气法》规定的职责采取行动，保护I类区域内与空气质量密切相关的资源。该法案确定的国家目标是，防止任何未来的（并补救现在的）人类活动对I类区域造成的能见度危害。

　　管理局将对公园空气质量及相关价值进行普查，确保空气质量健康；积极按照联邦、州和地方空气污染防治法规，寻求补救并防治外部合作项目因空气污染给公园资源带来的影响；审核主要空气污染源的行政许可申请，并评估其潜在影响。

　　地质资源管理

　　管理局将保存和保护公园自然系统组成部分的地质资源，主要包括地质特征和地质过程。管理局将评估自然过程和人类活动对地质资源的影响；维持并恢复现有地质资源的完整性；将地质资源管理纳入管理局的工作范围和规划；为公园游客介绍地质资源。

　　音景管理

　　管理者根据管理计划，确定对公园音景造成可接受影响的自然声音级别和类型。在公园内部和周边，管理局还监测对公园音景产生不利影响的人类活动噪声。管理局将采取行动，防止并尽量减少对自然音景或其他资源产生不利影响的噪声，或超出可接受或符合游客用途水平的噪声。

　　光景管理

　　管理局将尽最大可能保护公园的自然光景。自然光景是存在于无人造光环境中的自然资源和价值。管理局将最大限度减少公园设施发出的光线，防止或尽量减少公园人造灯光对生态系统夜景的侵害。

　　化学品和气味管理

　　天然化学物质和气味传递的信息会被生物体接收。许多动物能够感知，并通过改变它们的行为做出回应。

　　管理局将尽最大可能保护天然化学信息和气味，对改变天然化学信息和气味的某些管理措施进行告知。

　　管理局鼓励进行通过审查的自然资源研究。在公园开展研究之前，需要明确两项事宜，一是研究范围、方案和内容的书面描述，应得到批准；二是应有一份研究方案符合环境和文化资源要求的书面声明。

　　所有公园内的研究活动，都应采用非破坏性的方法，最大限度保护资源。严禁开展致使公园资源和价值受损的研究和采集活动。

　　管理局将自然资源研究分为两类：官方资助和独立研究，实行分类管理。

　　另外，有两个问题值得注意。一是严格管理自然资源采集标本，主要分为非活体标本和活体标本。非活体标本及其相关的野外记录作为博物馆藏品进行管理。活体标本将依据公园总体管理规划、《动物福利法案》和其他适用要求的规定进行管理。二是除经法律特别授权，禁止将公园自然资源用于商业目的。禁止采集者将采集的研究样本出售给第三方；研究标本仍为联邦财产。